Học viên Ninja: (Academy Students)
Học viện Ninja là nơi khởi đầu của một Ninja, là nơi đào tạo những cô bé cậu bé có khả năng bẩm sinh trở thành những Ninja thực thụ trong tương lai, tuy nhiên những cô bé cậu bé này vẫn chưa thể được coi là một Ninja cho tới khi tốt nghiệp. Tại đây họ được tiếp xúc dần với những loại vũ khí thông dụng của Ninja như dao (kinai), phi tiêu (shuriken), bên cạnh việc sử dụng thành thạo vũ khí họ được học những ký thuật cơ bản nhất mà một Ninja cần có và đạt được ví dụ như các thuật: Biến thân, Thuật dịch chuyển, Thuật phân thân... Ở đây các học viên cũng phải trải qua các kỳ thi kỳ kiểm tra xét trình độ, và cũng có một kỳ thi tốt nghiệp trước khi nhận bằng Ninja Hạ đẳng (Genin). Sau khi tốt nghiệp, mỗi học viên đã trở thành một Ninja Hạ đẳng, được đeo trên trán một băng bảo vệ có in biểu tượng của thôn Ninja mà họ lớn lên. Và được đeo chiếc băng bảo vệ đó trên trán được coi là một niềm tự hào đối với mỗi Ninja. Tuy nhiên khi tốt nghiệp, các giáo viên của học viện luôn chia các học viên, hay Ninja mới thành từng đội nhằm bổ sung những khiếm khuyết của nhau trong khi làm nhiệm vụ hay luyện tập, mỗi nhóm như vậy được một Ninja Thượng đẳng (Jounin) huấn luyện một cách bài bản, huấn luyện sử dụng các tuyệt chiêu phù hợp với khả năng của từng Genin. Và mỗi Jounin đều đưa ra một bài kiểm tra trước khi chấp nhận các Genin mới là học trò, nếu không đạt họ sẽ phải trở về với học viện Ninja, có lẽ đây chính là điểm nhấn trong cuộc đời Ninja của các Genin.


Ninja Hạ đẳng (Genin Ninja)
Ninja Hạ đẳng là cấp bậc thấp nhất trong thang cấp bậc của Ninja. Mỗi Genin sau khi rời Học viện đều phải thi hành những nhiệm vụ cho thôn Ninja của mình, chủ yếu nhiệm vụ cấp D và E (trừ một số trường hợp đặc biệt như Gaara của thôn Ninja Cát thuộc Phong Chi Quốc), hiếm lắm mới được giao làm nhiệm vụ cấp C. Nhiều nhiệm vụ thực sự là nguy hiểm và chính lúc đó cần đến bản lĩnh thực thụ của một Ninja. Tuy là như vậy nhưng khi đi làm các nhiệm vụ, thì bên cạnh ba Genin còn có một Jounin có nhiệm vụ giám sát và chỉ bảo phương án cách hành động cho các Genin. Tính mạng của các thành viên trong đội và sự thành bại của nhiệm vụ phụ thuộc rất nhiều và tiìn kỷ luật tuân thủ của các Genin, cũng như đầu óc phán đoán của các Jounin chính vì thế nên một đội Ninja mới bao gồm ba Genin và một Jounin là như vậy, ví dụ như đội của Naruto có ba Genin là: Uzumaki Naruto, Uchiha Sasuke và Haruno Sakura cùng một Jounin là Hatake Kakashi;hay là đội của Rock Lee gồm có ba Genin như Rock Lee, Hyuga Neji, Tenten và một Jounin là Might Guy. Các nhóm Ninja này được luyện tập Ninja ở mức độ cao và phức tạp hơn ở Học viên Ninja nhiều lần đặc biệt việc sử dụng một cách thuần thục năng lượng Chakra (Chakra sẽ nói ở phần sau), đây là một trong những yếu tố quyết định đến sức mạnh chiến đấu của một Ninja trên chiến trường


Ninja Trung đẳng (Chunin Ninja)
Ninja Trung đẳng là những Ninja sau khi vượt qua kỳ thi tuyển Ninja Trung đẳng hàng năm để trở thành một phần của đội quân Ninja có thể tham gia chiến đấu bảo vệ thôn Ninja của mình hay đi tấn công các thôn Ninja khác. Một số Ninja Trung nếu không tham gia quân đội có thể tham gia vào công việc giảng dạy tại Học viện Ninja, hoặc có thể phục vụ cho một số nhiệm vụ chức năng cụ thể ở một số nhóm đặc biệt như làm giám khảo tại cuộc thi chọn Ninja Trung đẳng. Và các Ninja Trung đẳng sẽ nhận được những nhiệm vụ từ cấp C cho đến cấp B, hiếm có trường hợp nhận được nhiệm vụ cấp A. Để trở thành Chunin thì các Genin phải trải qua một kỳ thi vô cùng khó khăn, không chỉ dừng lại ở việc thi về kiến thức cơ bản của Ninja mà còn diễn ra nhiều trận đấu ác liệt, chấp nhận đổ máu, và không chỉ có các Genin của một thôn Ninja tham gia mà còn các Genin từ các thôn Ninja đồng mình khác cũng được cử tới dự thi. Kỳ thi được chia làm 3 phần: Phần một là phần thi lý thuyết, ở phầ này có tới 60-70% thí sinh sẽ bị loại (Chính vì thế mà lượng Genin đi thi kên Chunin năm nào cũng rất đông đảo) . Phần hai là phần chứng tỏ khả năng tồn tại của mình bằng việc vượt qua các thửu thách khắc nghiệt của thiên nhiên, những Genin vượt qua được những thử thách đó sẽ gặp nhau để chiến đấu 1-1 nhằm chọn ra những Genin xuất sắc nhất cho vòng chung kết. Phần ba, vòng chung kết kỳ thi tuyển chọn Chunin, mỗi trận đấu là một lần người xem được chứng kiến những kỹ thuật có thể coi là hoàn hảo của những Genin xuất sắc, thông qua kết quả cũng như phong cách thi đấu của từng Genin mà có thể xét lên Chunin Thường thì mỗi Genin sau khi lên Chunin sẽ được nhận một bộ đồng phục của Ninja cấp cao bao gồm áo khoác ngoài, áo trong đều mang biểu tượng của thôn Ninja mà họ lớn lên. Và sau khi lên Chunin, các Chunin có thể làm đội trưởng của một đội nhỏ gồm nhiều Genin đi làm các nhiệm vụ, chủ yếu là nhiệm vụ cấp C (Trừ trường hợp của Nara Shikamaru làm đội trưởng của đội gồm Hyuga Neji, Uzumaki Naruto, Kiba Inuzuka, Choji Akimichi đi truy tìm Uchiha Sasuke bị rơi vào tay Orochimaru là nhiệm vụ cấp B).


Ninja Thượng đẳng (Jounin)
Ninja Thượng đẳng (Jounin) là Ninja cao cấp của các thôn Ninja bao gồm ba nhóm Ninja đó là Jounin thông thường, Jounin đặc biệt (ANBU) và Jounin thuộc nhóm giám khảo (Tokubetsu Jounin) . Jounin là những Ninja thuộc đẳng cấp cao và có thể cho là hoàn thiện về kỹ chiến thuật trong chiến đấu cũng như huấn luyện. Đa số Jounin đều phục vụ cho quân đội, và thường đều năm vai trò là đội trưởng của một đội Ninja bao gồm hai Ninja chiến đấu và một Ninja chữa trị. Các Jounin đều phải thực hiện các nhiệm vụ cấp A bên cạnh việc hỗ trợ các Genin thực hiện các nhiệm vụ cấp D, E, cao hơn nữa là các nhiệm vụ cực kỳ đặc biệt và nguy hiểm là nhiệm vụ cấp S chỉ dành cho các Jounin cực kỳ xuất sắc và bản lĩnh. Tuy các nhiệm vụ cấo S đều rất khó khăn nhưng các Jounin đều có khả năng phải thực hiện nhiệm vụ đó một mình Jounin giám khảo (Tokubetsu Jounin) chủ yếu là giám khảo ở các vòng thi Ninja Trung đẳng (giám khảo trực tiếp từ vòng hai trở đi) và Thượng đẳng, ngoài ra còn tham gia vào việc huấn luyện Genin sau khi rời học viện Ninja Còn một nhóm cực kỳ đặc biệt của Thượng đẳng cấp là ANBU (viết tắt của Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai) có nghĩa là Lực lượng Ninja mật chuyên đi ám sát và thực hiện các nhiệm vụ bảo vệ các Kage, làm tình báo ngăn chặn sớm nhất các vụ đột kích từ bên ngoài đối với thôn Ninja. Mỗi ANBU đều mang trên mình một chiếc mặt nạ, họ đều che giấu danh tính của mình chiến đấu và hi sinh đều trong thầm lặng. Nhiệm vụ cấp S chính là nhiệm vụ mà các ANBU sẽ thực thi, chính vì thế mà ANBU được coi là lực lượng tinh nhuệ nhất của bất kỳ một thôn Ninja nào. Đa số các ANBU đều có trên mình một bộ Katanas, bộ đao gồm Thái đao và Đoản đao, một bộ Katanas như vâỵ được gọi là một bộ Đại Tiểu được sử dụng như vũ khí chính thức, cũng là một trong những biểu tượng cuả ANBU giống như chiếc mặt nạ vậy...


Ninja đứng đầu (Kage)
Kage là những người đứng đầu của một thôn Ninja, là người có sức mạnh tuyệt đối trong thôn, đứng đầu năm thôn Ninja lớn là năm vị Kage : Hokage của thôn Ninja Lá ;Kazekage của thôn Ninja Cát, Mizukage của thôn Ninja Nước, Raikage của thôn Ninja Sét và Tsuchikage của thôn Ninja Đất. Các thôn Ninja có thể kẻ thù và cũng có thể là đồng minh với nhau, các mối quan hệ đó chủ yếu là do các vị Kage đem lại, vì thế việc lựa chọn Kage do các vị Ninja trưởng lão trong thôn đưa ra trên các tiêu chí bao gồm cả Tài lẫn Đức. Tuy nhiên cũng có một số ngoại lệ nhất định ví dụ ở thôn Ninja Lá. Tsunade là Hokage đời năm là cháu nội của Hokage đời một, và là con gái của Hokage đời hai, học trò của Hokage đời ba và là một trong ba vị Ninja trong huyền thoại (gồm Tsunade, Orochimaru và Jiraiya) hay Gaara là Kazekage đời thứ năm của thôn Ninja Gió là con trai của Kazekage đời bốn... tuy nhiên họ đều là những Ninja có phẩm chất vượt trội luôn khiến nhiều người phải nể phục.